В head или после </head>
Code
<?if(!$USER_LOGGED_IN$)?>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
_uWnd.alert(Привет гость!.<br><a href="$REGISTER_LINK$" target="_blank">Зарегистрироваться</a><br><a href="http://megaseren.net"></a>','Привет гость!',{w: 200, h: 100, tm: 15000});});
</script>
<?endif?>